Kościół Wszystkich Świętych został zbudowany w XVII wieku. Fundatorem świątyni był sekretarz króla Zygmunta III Wazy, Wojciech Chludziński.

Z kościołem Wszystkich Świętych w Wilnie związanych jest wiele wybitnych postaci. M. in. ks. Józef Fordon, który był proboszczem kościoła w latach 1905 - 1909 roku. Za obronę wiary otrzymał zakaz działalności duszpasterskiej od władz carskich. Później usunięto go z Wilna. Po kilku latach wstąpił do zakonu franciszkanów konwentualnych. Był bardzo ceniony przez ojca Maksymiliana Kolbe. Obecnie trwa proces beatyfikacyjny ojca Melchiora Józefa Fordona.

Inny wybitny kapłan związany z tą świątynią to ks. Bolesław Sperskiego. Od 1917 roku był kapelanem w armii gen. Hallera. W 1936 roku został proboszczem kościoła Wszystkich Świętych w Wilnie. W czasie II wojny światowej, podczas niemieckiej okupacji Wilna, razem z ks. Witoldem Pietkunem ratował Żydów. Dzięki niemu w kościele do dzisiaj znajduje się obraz Matki Bożej Nieustającej Pomocy. Obraz ten towarzyszył ks. Bolesławowi przez całe jego kapłańskie życie. Zabierał go również poza granice kraju. Przed tym obrazem odbywały się nabożeństwa polowe m. in. w Kanadzie. Po wojnie, po zamknięciu kościoła w 1946 roku, obraz przez prawie 50 lat był ukrywany.

W latach 80 – tych XX wieku w kościele Wszystkich Świętych w Wilnie urządzono w Muzeum Litewskiej Sztuki Ludowej. Dopiero w 1991 roku kościół został zwrócony wiernym.

W kościele szczególnie kultem otoczona jest Matka Teresy z Kalkuty. Tu znajdują się relikwie pierwszego stopnia tej jednej z najbardziej znanych świętych w dziejach świata. W kościele modlą się siostry zakonne z założonego przez Matkę Teresę Zgromadzenia Sióstr Misjonarek Miłości. Siostry codziennie opiekują się w Wilnie bezdomnymi, chorymi i cierpiącymi.

W pomoc biednym i potrzebujących zaangażowani są również kapłani i świeccy tej parafii. Na jej terenie znajduje się m. in. Centrum Pomocy Rodzinie, Centrum dla Dzieci, Wspólnota Anonimowych Alkoholików, a także stowarzyszenie dla osób uzależnionych od narkotyków.

Obecnie na terenie parafii mieszka około 40 tysięcy osób. To Litwini, Polacy, Rosjanie, Białorusini. Msze św. odprawiane są w j. litewskim i j. polskim. Mszę św. transmitowaną przez TVP Wilno odprawi ks. Daniel Narkun, wikary parafii.