Franciszek urodził się 7 kwietnia 1506 r. na zamku Xavier w kraju Basków (Hiszpania). Na studiach teologicznych zapoznał się z bł. Piotrem Favre i św. Ignacym Loyolą. Trzej przyjaciele oraz czterej inni towarzysze złożyli śluby zakonne. Współzałożyciele Towarzystwa Jezusowego udali się potem do Rzymu, gdzie św. Franciszek otrzymał święcenia kapłańskie. 7 kwietnia 1541 r. Święty wyruszył na misje do Indii. Tam w Goa zabrał się energicznie do wygłaszania kazań, katechizacji dzieci i dorosłych, spowiadał, pomagał ubogim. Katechizował również tubylców. Założył dwa kolegia jezuickie. Udał się też do Japonii, gdzie nawrócił ok. 1000 Japończyków.

Po powrocie do Indii utworzył nową prowincję zakonną, założył nowicjat zakonu i dom studiów. Umarł w nocy z 2 na 3 grudnia 1552 r. Jego ciało spoczywa w Goa w kościele jezuitów. Pozostawił wiele listów. Do chwały błogosławionych wyniósł go papież Paweł V w 1619 r., a już w trzy lata potem kanonizował Franciszka Ksawerego papież Grzegorz XV. W 1910 r. papież św. Pius X ogłosił św. Franciszka patronem Dzieła Rozkrzewiania Wiary, a w 1927 r. papież Pius XI ogłosił naszego Świętego wraz ze św. Teresą od Dzieciątka Jezus głównym patronem misji katolickich. Jest patronem Indii i Japonii oraz marynarzy. Orędownik w czasie zarazy i burz.