Wielowiekowa tradycja procesji ku czci św. Stanisława, która rokrocznie w maju podąża z królewskiego Wawelu na Skałkę, wymaga - ze względu na swój niezwykły przekaz duchowy i historyczny - godnej oprawy. Eucharystia, która jest źródłem i siłą Kościoła, jest jednocześnie kulminacyjnym momentem uroczystości stanisławowskich. Tą świadomością kierowali się ojcowie paulini, kiedy postanowili montowany corocznie ołtarz polowy - służący tu od czasów wizyty Jana Pawła II w 1979 r. - zastąpić nowoczesną, piękną i funkcjonalną budowlą, umieszczoną na klasztornym dziedzińcu, która swoją artystyczną i teologiczną głębią uwypukli doniosły charakter majowej uroczystości.
Pomysłodawcą jest piszący te słowa - przeor klasztoru na Skałce, promotorami zaś są Piotr i Lucyna Skalscy - główni sponsorzy tego dzieła. Prace przygotowawcze rozpoczęto od konkursu architektonicznego znanych artystów i architektów. W ustalonym terminie wpłynęło ostatecznie pięć projektów, odznaczających się wysokim poziomem merytorycznym. 19 czerwca 2007 r. w pałacu arcybiskupów krakowskich zebrało się jury w składzie: kard. Stanisław Dziwisz - metropolita krakowski, o. Andrzej Napiórkowski, Jan Janczykowski - wojewódzki konserwator zabytków i Piotr Skalski - prezes zarządu firmy „Skalski”. Jury jednogłośnie wybrało projekt zespołu prof. Wincentego Kućmy. Praca ta otrzymała nazwę Ołtarza Trzech Tysiącleci.
Reforma liturgiczna Soboru Watykańskiego II wprowadziła sporo istotnych zmian w rozumieniu uczestnictwa ludu Bożego w czynnościach sakralnych. Nastąpiło odejście od dominanty hierarchicznego obrazu Kościoła na rzecz koncepcji „communio” wiernych, którzy - na mocy powszechnego kapłaństwa - gromadzą się razem wokół ołtarza, aby pod przewodnictwem celebransa wspólnie składać ofiarę Eucharystii. Takie przesłanie zaprezentowano architektom biorącym udział w konkursie. Projekt nowego ołtarza prezentuje model Kościoła, który gromadzi się wokół Eucharystii.
Budowla ma charakter wielofunkcyjny, dostosowany do tak niezwykłego miejsca, jakim jest Skałka: służy liturgii, przygotowana jest do wydarzeń artystycznych (koncertowych, scenicznych), lecz także demonstrując formę współczesnej sztuki sakralnej, wnosi nową architekturę w przestrzeń dziedzińca kościelno-klasztornego. Ołtarz Trzech Tysiącleci wyznaczają dwa kierunki: ściana budynku klasztornego oraz średniowieczny mur, zbudowany za czasów króla Kazimierza Wielkiego (1310-70). Te wektory wyznaczają dwie osie kolumnady filarów. Ołtarz zajmuje powierzchnię ok. 1000 m². Posadzkę i dojścia do niego wykonano z najbardziej związanego ze Skałką materiału - wapienia. Przed ołtarzem przewidziano przestrzeń na 500 miejsc siedzących. Zadaszenie ołtarza wykonane jest z białej wodoodpornej tkaniny i w najwyższym punkcie osiąga wysokość 12 metrów. Jego konstrukcja umożliwia łatwy demontaż.
Plac pod budowę Ołtarza Trzech Tysiącleci poświęcono 22 stycznia 2008 r., a kamienie węgielne i akt erekcyjny wmurowano 18 lutego tegoż roku podczas uroczystej ceremonii pod przewodnictwem kard. Stanisława Dziwisza. W fundamenty, jak głosi treść aktu erekcyjnego, wmurowano kamienie węgielne: z Watykanu, zroszonego krwią sługi Bożego Jana Pawła II; z Gniezna, gdzie znajduje się grób męczennika św. Wojciecha; ze Skałki, gdzie polała się krew św. Stanisława; i z Teb w Egipcie, gdzie w samotności na kontemplacji Boga żył św. Paweł I Pustelnik, patriarcha paulinów.
Obraz Trójcy Świętej ujęty jest w kształcie mensy ołtarzowej, ambonki i postumentu na relikwiarze świętych i błogosławionych polskiej ziemi, jakie są niesione w procesji z Wawelu na Skałkę. Podstawa kolumny trzech sakramentów jest trójkątna. Odniesienia trynitarne wyrażono również w analogii trzech tysiącleci, trzech sakramentów i trzech świętych postaci (centralnie usytuowanych).
Siedem filarów - wzniesionych na wysokość 8 metrów z litych bloków kamiennych i wyznaczających tylną ścianę ołtarza - nawiązuje do idei otwartej, ogarniającej świat kolumnady Berniniego na watykańskim Placu św. Piotra. Przy filarach umieszczono posągi świętych i błogosławionych, wykonane z brązu patynowanego, o wysokości 4, 2 m, dłuta prof. Kućmy. Trzy centralne filary z różowego kamienia, swoim kolorem kierują uwagę na męczeństwo umieszczonych na nich postaci: św. Stanisława - biskupa i męczennika (w środku) oraz św. Wojciecha - misjonarza i męczennika (z lewej) i sługi Bożego Jana Pawła II, który przelał krew podczas zamachu 13 maja 1981 r. (po stronie prawej). Cztery kolejne rzeźby, mające za tło słupy wapienne w kolorze kości słoniowej, przedstawiają św. Jadwigę Królową, św. siostrę Faustynę, św. Jana Kantego i o. Augustyna Kordeckiego. Podczas gdy postacie centralne to główni patronowie Polski i duchowi opiekunowie trzech kolejnych tysiącleci pielgrzymki wiary narodu polskiego, pozostali święci zostali wybrani ze względu na swoje związki z Krakowem i Zakonem Paulinów.