Ojciec Święty Jan Paweł II bullą Incarnationis mysterium 29 listopada 1998 r. ogłosił Wielki Jubileusz. Metropolita przemyski abp Józef Michalik dekretem z 14 czerwca 1999 r. ustanowił, wśród wielu innych, bazylikę Matki Bożej Pocieszenia w Leżajsku kościołem stacyjnym Roku Jubileuszowego 2000. W Programie Komisji Duszpasterstwa Episkopatu Polski Te Deum Laudamus na s. 370 zostały wymienione wszystkie kościoły Roku Jubileuszowego Archidiecezji Przemyskiej.

Przed świętami Bożego Narodzenia 1999 r. opracowany przez sanktuarium program obchodów Roku Jubileuszowego został udostępniony wiernym i pielgrzymom. O północy 25 grudnia 1999 r. uroczystą Pasterką pod przewodnictwem kustosza sanktuarium o. Stanisława Komornika rozpoczęły się obchody Roku Jubileuszowego 2000 w sanktuarium leżajskim. Czuwanie modlitewne od godz. 18.00 do 24.00 zakończone Mszą św. koncelebrowaną wprowadziło w Nowy Rok 2000.

W programie zwrócono szczególną uwagę na sakrament pojednania, w tym celu został wprowadzony całodzienny dyżur w konfesjonale. Codziennie na kilku Mszach św. były głoszone homilie o tematyce Roku Świętego, przypominające wiernym i pielgrzymom o możliwości uzyskania odpustu jubileuszowego. W każdy czwartek było wystawienie Najświętszego Sakramentu do adoracji przez poszczególne grupy zrzeszone przy bazylice, jak i wiernych nawiedzających świątynię. Sanktuarium zostało udekorowane emblematami Roku Jubileuszowego, z całorocznym programem nabożeństw w nim organizowanych.

Program duszpasterski i kaznodziejski przez cały rok, a zwłaszcza podczas dziewięciu odpustów nawiązywał do trwającego Roku Jubileuszowego. Do nawiedzenia bazyliki zostały zaproszone wszystkie parafie dekanatu leżajskiego i te odbyły pielgrzymki. Były misje św. w bazylice i kościołach filialnych parafii w Hucisku, Przychojcu i Maleniskach, głoszone przez misjonarzy bernardyńskich ojców Bonawenturę Misztala, Bogusława Zabłockiego i Antoniego Prosowicza. Różnymi środkami dotarło i nawiedziło sanktuarium 465 grup pielgrzymkowych z całej Polski i zagranicy. Były grupy z parafii, dzieci po Pierwszej Komunii św., młodzież, chorzy i niepełnosprawni.

Do bazyliki zostały zaproszone pielgrzymki stanowe i zawodowe ziemi leżajskiej, tych było 26. Wśród nich pielgrzymka rodziców osób konsekrowanych (2 lutego), ludzi rzemiosła i pracy (19 marca), matek i żon (25 marca), Wyższego Seminarium Duchownego Ojców Bernardynów w Kalwarii Zebrzydowskiej, zakonnic (29 kwietnia), straży pożarnych ( 4 kwietnia), zakonników (7 maja), sportowców (15 maja), pracowników administracji publicznej (20 maja), dzieci szkół podstawowych (25-30 maja), dzieci komunijnych (8 czerwca), handlowców (9 lipca), policji ( 25 lipca), parafii z okolicznych dekanatów (lipiec), ludzi starszych i chorych (14 sierpnia), młodzież (14 sierpnia), Wojska Polskiego ( 8 września), rolników (8 września), Członków III Zakonu Franciszkańskiego ( 24 września), Akcji Katolickiej (1 października), ojców i mężów ( 4 października), Związku Łowieckiego (14 października), Służby Zdrowia ( 18 października), Nauczycieli i Pedagogów (21 października), parafialnych grup duszpasterskich (26 listopada), małżeństw i rodzin (8 grudnia) .

W bazylice leżajskiej gościliśmy jako pielgrzymów jubileuszowych bardzo wielu kapłanów (538), którzy sprawowali Mszę św. przed cudownym obrazem Pani Leżajskiej, wielu zakonników, zakonnic i biskupów, a wśród nich bp. Stefana Moskwę z Przemyśla, dwukrotnie, bp. Maksymiliana Dubrawskiego z Ukrainy, bp. Edwarda Białogłowskiego z Rzeszowa, dwukrotnie, biskupa polowego Leszka Sławoja Głódzia z Warszawy wraz z pielgrzymką Wojska Polskiego, bp. Jana Śrutwę z Zamościa i bp. Antoniego Dydycza z Drohiczyna.

Mimo remontu wielkich organów odbyły się koncert kolęd z udziałem czterech chórów i IX Międzynarodowy Festiwal Muzyki Organowej i Kameralnej Leżajsk 2000 (19 czerwca - 2 października). Bazylika leżajska była miejscem wielu spotkań grup rocznikowych, jubileuszowych i uczestników różnych sympozjów naukowych.

Przejściu w nowe tysiąclecie, towarzyszą wiernym przy osłanianiu i zasłanianiu cudownego obrazu Matki Bożej Pocieszenia nowe fanfary.

Pragnieniem Sanktuarium było, aby w Roku Jubileuszowym ukazać wielkie bogactwo tutejszego miejsca. Dlatego w miesiącu lutym 2000 r. Klasztor wespół ze Starostwem i Urzędem Miasta zorganizował sympozjum naukowe na temat walorów religijnych, pielgrzymkowych i turystycznych Leżajska i okolicy. Zaplanowano uporządkowanie otoczenia wokół bazyliki. Na placu przed bazyliką 1 października ub.r. został poświęcony i odsłonięty przez bp. Edwarda Białogłowskiego z Rzeszowa pomnik Papieża Jana Pawła II, jako wotum Społeczeństwa ziemi leżajskiej w Roku Jubileuszowym 2000.

Mszę św. koncelebrowaną pod przewodnictwem ks. prof. Władysława Głowy z holimią kustosza sanktuarium o. Stanisława Komornika zakończono Rok Jubileuszowy w uroczystość Objawienia Pańskiego 6 stycznia 2001 r.

Kończąc obchody Roku Jubileuszowego kustosz sanktuarium o. Stanisław Komornik powiedział: "...pragnę, po Bogu, serdecznie podziękować Wszystkim, którzy włączyli się w uroczystości jubileuszowe. Najpierw za wspólną modlitwę, tę na głównych uroczystościach, jaki i tę cichą przed Najświętszym Sakramentem lub na leżajskich Dróżkach. Dziękuję Księdzu Dziekanowi, wszystkim Ojcom na czele z proboszczem o. Leopoldem Soszką za współorganizowanie uroczystości jubileuszowych, za głoszone Słowo Boże, za posługę przy stole eucharystycznym i w konfesjonale, dziękuję kapłanom za celebrację Mszy św., dziękuję naszym Braciom zakonnym i Braciom Nowicjuszom na czele z o. Izydorem Wróblem, dziękuję naszym Braciom zakonnym, oraz siostrze Justynie Karaś, również za współorganizowanie tych uroczystości, dziękuję za udział różnych asyst, pocztów sztandarowych, delegacji z wieńcami dożynkowymi, za śpiew różnych chórów, w tym także dziś obecnemu, chórowi i młodzieży z Liceum Leżajskiego pod kierownictwem Barbary Kuczek i pod dyrektorskim tchnieniem p. Stanisława Bartnika. Dziękuję dzisiejszej solistce Jadwidze Bartnik. Dziękuję za grę i kilkakrotną obecność orkiestrom, za śpiew, grę na leżajskich organach i ciągłą obecność niezmordowanego organisty Romana Chorzępy.

Serdecznie dziękuję posłowi ziemi leżajskiej Zbigiewowi Rynasiewiczowi, który życzliwą radą i pomocą wspierał nasze wysiłki przez cały rok. Dziękuję Stowarzyszeniu Milenium, które podjęło się realizacji pomnika Papieża Jana Pawła II, który to pomysł poddało Sanktuarium. Dziękuję jeszcze raz Urzędowi Miasta i Generalnej Dyrekcji Dróg z Rzeszowa za uporządkowanie placu przed bazyliką, poprzez budowę chodnika alei prowadzącej do bazyliki i placu. Dziękuję Burmistrzowi Miasta i Dyrekcji Zakładu Energetycznego za wykonaną iluminację bazyliki i klasztoru. Dziękuję Policji i Straży Pożarnej za pilnowanie porządku i bezpieczeństwa w czasie różnych uroczystości. Serdeczne Bóg zapłać Wszystkim Dobrodziejom, Ofiarodawcom i Pielgrzymom Roku Jubileuszowego do tego Sanktuarium.

Już dziś zapraszam wszystkich do przeżywania kolejnych, wielkich i wspólnych kart naszej historii w nowym tysiącleciu".