Przywilej lokacyjny Frombork otrzymał 8 lipca 1310 r. od bp. Eberharda z Nysy. Początkowo miasto stanowiło własność biskupów warmińskich, a od 1320 r. należało do kapituły warmińskiej. Wybudowanie w latach 1329-88 katedry Wniebowzięcia Najświętszej Maryi Panny i św. Andrzeja Apostoła znacznie podniosło prestiż miasta. Nieco później powstały: kaplice, zespół ołtarzy bocznych, kaplica św. Jerzego i kaplica Zbawiciela, św. Teodora i Wszystkich Świętych, zwana od nazwiska fundatora kaplicą Szembeka. Siedzibę kapituły we Fromborku tworzył gotycki kompleks zabudowań na wzgórzu katedralnym: archikatedra, pałac biskupi, kuria, kapitularz oraz mury obronne z basztami i wieżą Kopernika.

Najcenniejszym z ołtarzy jest dawny ołtarz główny, późnogotycki poliptyk szafiasty z 1504 r., wykonany w Toruniu, ufundowany przez bp. Łukasza Watzenrode, wuja Mikołaja Kopernika. Równie bogato zdobiony jest ołtarz św. Karola Boromeusza i św. Rozalii, ufundowany w 1640 r. przez bp. Mikołaja Szyszkowskiego – z wdzięczności za uratowanie diecezji przed szerzącą się wówczas zarazą.

Bazylika archikatedralna była również świadkiem życia i wiary kanonika Mikołaja Kopernika, który zamieszkał we Fromborku w 1510 r. Początkowo był wizytatorem, posłem i kanclerzem kapituły, później generalnym administratorem biskupstwa. Jako kanonik był członkiem Warmińskiej Kapituły Katedralnej, posiadał w katedrze swój ołtarz i dwie kanonie. Tu opracował swoje najważniejsze dzieło De revolutionibus orbium coelestium (O obrotach sfer niebieskich), prowadził obserwacje nieba i dokonywał odkryć. Jego doczesne szczątki spoczęły w murach bazyliki w maju 1543 r. Biskup Marcin Kromer ufundował mu epitafium, natomiast dzieła Kopernika są przechowywane w biskupiej bibliotece.

Rok 2023 to rok jubileuszu 550. rocznicy urodzin i 480. rocznicy śmierci kanonika Mikołaja Kopernika – wielkiego astronoma, prawnika, matematyka, lekarza i ekonomisty.