Bolesław Prus (Aleksander Głowacki) widział ważną rolę Kościoła katolickiego w życiu społecznym. Doceniał jego rolę w wychowywaniu społeczeństw: „ów Kościół spełniał misję cywilizacyjną: oświecał, radził, pocieszał, podniecał twórczość, hamował, regulował stosunki prywatne i publiczne, wytwarzał charaktery”. Nie znaczy to jednak, że nie widział błędów, które popełniał w ciągu swojej historii. W 1907 r. pisał o jego użyteczności: „Kościół podobny jest do drzewa, mającego tysiąc kilkaset lat wieku. Niewątpliwie są na nim guzy, połamane konary, dużo porostów, wykrzywień, próchna i pasożytów; słowem, jest wiele szczegółów starczych i chorobliwych, o których mówić można nie zapominając jednak, że drzewo to zasłania dużą część kuli ziemskiej, że trwa od wieków, a więc musiało mieć warunki trwałości, musiało być użyteczne”.
Na początku XX w. z niepokojem śledził wystąpienia antykościelne niektórych publicystów, radykalnych ugrupowań chłopskich i socjalistów. Uważał, że źle one służą polskiej racji stanu i podkopują fundamenty religii, a wraz z nimi oparty na nich ład moralny. Częściowo za te ataki obwiniał Kościół, który w przeszłości posiadał prerogatywy władzy świeckiej, blokował rozwój nauki, bezwzględnie traktował swoich przeciwników. Natomiast w czasach jemu współczesnych częściową winą za ten stan rzeczy obarczał duchowieństwo „ponieważ nie rozumie i nie stara się zrozumieć ducha czasu, w którym dziś górują takie oto pożyteczne i czcigodne prądy, jak poszanowanie godności osobistej nawet chłopów - wielkie znaczenie nauk opartych na indukcji, i dążenie do wolności, a więc i do tolerowania cudzych przekonań. Dopóki te zasady będą w lekkomyślny sposób atakowane, nieprzyjaciele religii i Kościołów zawsze znajdą gotową i mocną broń przeciw duchowieństwu i używać jej potrafią bez ceremonii”. Te słowa nie straciły nic ze swej aktualności.
Na początku XX w. Bolesław Prus opisywał szerzącą się wtedy demoralizację. Jej przyczynę widział w braku wychowania moralnego. Przyczynę tego stanu rzeczy widział w ograniczaniu przez władze carskie wpływu Kościoła na społeczeństwo: „Z górą przez czterdzieści lat Kościół katolicki był usuwany od wpływu na społeczeństwo; księży traktowano jak pobytowców, do szkoły elementarnej nie wolno im było chodzić, nad kazaniami rozciągnięto dozór, wszelka działalność społeczna, obywatelska, a więc umoralniająca, była wprost niemożliwą. Ksiądz miał prawo tylko modlić się i odprawiać nabożeństwa, czyli - szerzyć martwą pobożność, ale doskonalić ludzi, choćby tylko zapobiegać psuciu się ich, nie było mu wolno. (...) dziś zbieramy owoce tej polityki religijnej. Dzięki niej wielu księży stało się urzędnikami do odprawiania nabożeństw, uczucia religijne ochłodły, a święty, użyźniający dusze potok moralności zaczął wysychać”.
Mimo tych ograniczeń Kościół wypełniał swoje zadanie nauczyciela narodu: „Przeciwko ostatecznemu rozprzężeniu i demoralizacji walczy Kościół katolicki, a gdyby człowiek prosty nie słyszał z kazalnicy i konfesjonału, że nie należy kraść, zabijać i tym podobne, nie wiadomo, jak byśmy wyglądali”. Dlatego Prus był bardzo zatroskany o odpowiednią liczbę oraz wysoki poziom intelektualno-moralny duchowieństwa. W kapłanach widział duchowych przewodników narodu. Stąd był zaniepokojony stałym zmniejszaniem się szeregów kapłańskich na skutek represyjnej polityki władz carskich wobec Kościoła po powstaniu styczniowym, dlatego alarmował społeczeństwo: „duchowieństwa w kraju jest za mało i śmierć coraz bardziej przerzedza jego szeregi”.
Jednym z przejawów represyjnej polityki władz rosyjskich w stosunku do Kościoła po powstaniu styczniowym była kasata niektórych seminariów duchownych. Każdy kandydat na wykładowcę w seminarium musiał uzyskać zatwierdzenie miejscowego gubernatora, a nawet generała-gubernatora w Warszawie. Z powodu braku odpowiednio przygotowanej kadry seminaria nie dawały należytej formacji intelektualnej i moralnej alumnom, tym bardziej, że zgłaszali się do nich nie najlepsi kandydaci. Wykłady z historii Rosji i literatury prowadzili Rosjanie. Wprawdzie po podpisaniu układu między rządem carskim a Watykanem w 1882 r. zarząd seminariów należał do biskupów, to jednak faktycznie władze nie przestały ingerować zarówno w ich funkcjonowanie, jak i program studiów, pod pozorem zapobiegania antyrosyjskiej i rewolucyjnej atmosferze w nauczaniu i wychowaniu.
Wśród kleryków zdarzali się konfidenci, którzy przekazywali władzom, najczęściej fikcyjne, dane na rzekomo niezgodną z prawem działalność seminarium, co kończyło się jego zamknięciem, zsyłką na Sybir profesorów i wychowawców, jak to miało miejsce w 1894 r. w Kielcach. Podobne metody stosowały też w stosunku do seminariów w późniejszym okresie władze komunistyczne. Teoretycznie władze rosyjskie powinny utrzymywać seminaria, praktycznie jednak seminaria katolickie otrzymywały o wiele mniej subwencji niż prawosławne, stąd była potrzeba dofinansowania ich ze składek społecznych.
W tę akcję zaangażował się również Bolesław Prus.
W 1883 r. zwracał się do społeczeństwa z prośbą o pomoc w remoncie gmachu Seminarium Duchownego w Warszawie, ponieważ klerycy mieli w nim bardzo złe warunki lokalowe, które mogą niektórych z nich odstraszyć od kontynuowania studiów, natomiast pozostałym zrujnować zdrowie: „Proszę sobie wyobrazić gmach stary, chłodny i wilgotny. W korytarzach, gdzie powietrze powinno być najlepsze czuć zaduch, podłogi gniją, a na ścianach pleśnieją obrazy. Celki tak samo są duszne, chłodne, ze spaczonymi drzwiami i oknami, które nie przystają do futryn. W takiej to jaskini spędzają młodość ludzie, na których kiedyś ma spaść ciężki obowiązek przewodniczenia masom”.
Prus doceniał znaczenie Kościoła na płaszczyźnie społecznej, stąd pomimo krytycznych uwag, bronił go przed atakami jego przeciwników i zbiegał o jak największe możliwości dla jego działalności. Wielką wagę przywiązywał do wykształcenia duchowieństwa, stąd też jego troska o stworzenie odpowiednich warunków do właściwej formacji przyszłych kapłanów.