Świątynia ta ma historię przynajmniej tak długą jak Kraków. Jej dzieje niosą ze sobą bogate treści. Archeolodzy w miejscu kościółka św. Benedykta odkryli romańską rotundę z przełomu X i XI wieku której towarzyszy palatium - czyli rezydencja władcy. Wynikałoby z tego, że w tym samym okresie na terenie dzisiejszego Krakowa istniały dwa ośrodki władzy - na Wawelu i na Krzemionkach. Istnieją wśród naukowców niepozbawione podstaw teorie, że ten ośrodek władzy mógł należeć do państwa czeskiego, które do czasów Bolesława Chrobrego obejmowało Kraków i część Małopolski. Jedna z tez mówi, że dzisiejsze Krzemionki zamieszkiwali nie Wiślanie, a Biali Chorwaci (których przedstawicielem był m.in. św. Wojciech). Pozostała już po nich tylko nazwa festynu organizowanego od wieków na Krzemionkach we wtorek po Wielkanocy - Rękawka. Słowo „rękawka” pochodzi od słowa „rakev” - co po chorwacku oznacza kopiec. Stąpając więc po ścieżce wokół kościółka, dotykamy najstarszych tajemnic polskiej państwowości.

Krzemionki w posiadaniu zakonów

Obiekt, który dziś obserwujemy, powstał w swojej pierwotnej formie prawdopodobnie w XI-XII wieku. Jego początki wiążą się z przybyciem do Małopolski benedyktynów. Posiadali oni ziemie m.in. na Krzemionkach, dlatego uznaje się, że to mnisi byli jego budowniczymi. Wskazuje na to także wezwanie kościoła. Rola benedyktynów w tamtym okresie była wyjątkowa, gdyż to oni jako pierwsi zajmowali się chrystianizacją państw Piastów. Kolejne zakony, które pojawiły się na ziemiach wchodzących dzisiaj w skład państwa polskiego, trafiały na grunt przygotowany wcześniej przez benedyktynów. Przechodząc w pobliżu kościółka na Krzemionkach, możemy wyobrazić sobie mnichów w ciemnych kapturach, którzy podążając na nabożeństwo, powtarzają słowa reguły: „Ora et labora” - Módl się i pracuj.
Wiemy, że w 1254 r. kościółek należał już do norbertanek z klasztoru na Zwierzyńcu - jednego z najstarszych w Krakowie. Panny Zwierzynieckie znane są dziś bardziej z legendy o Panieńskich Skałach, według której uciekając przed najazdem tatarskim w 1241 r., mniszki zamieniły się w głazy, by nie zostać pohańbione. Legenda jednak odwraca uwagę od wkładu zakonnic w rozwój duchowy Krakowa. Zwierzyniecki konwent wydał bł. Bronisławę (zm. w 1259 r.). Odwiedzając kościółek św. Benedykta, przenosimy się więc do czasów, kiedy na terenie dzisiejszego Krakowa żyła bł. Bronisława - od 1839 r. patronka Polski.
Z kościołkiem św. Benedykta związany jest jeszcze jeden klasztor - Świętego Ducha (mieścił się w miejscu Teatru im. Juliusza Słowackiego). W średniowieczu świątynia popadła w ruinę. Odbudowana została w 1598 r. Przekazano ją wtedy pod opiekę nieistniejącego już zakonu duchaków, który skasowano w 1783 r. Pamiątką po opiece duchaków nad kościółkiem św. Benedykta jest podwójny krzyż na barokowej wieżyczce. Przyglądając się temu krzyżowi, warto westchnąć do Boga za Zakon Świętego Ducha, gdyż aktualnie w gdańskim Matemblewie podjęto próbę jego reaktywowania.

Ciągle zamknięty

W historię kościoła św. Benedykta na Krzemionkach wpisało się już to, że rzadko odprawiane są w nim nabożeństwa. Od czasu, kiedy świątynią opiekowali się duchacy, Msze św. odprawiano jedynie w piątki. Po pierwszym rozbiorze Polski, gdy świątynia znalazła się w zaborze austriackim, duchacze stracili nad nim patronat. Jednak staraniem mieszczanina podgórskiego Jędrzeja Hallera jeszcze przez 14 lat po rozbiorze świątynia służyła za miejsce kultu. Kiedy zmarł Haller, zamarł i kościół. Od 1818 r. kościółek należy do parafii pw. św. Józefa na Podgórzu. W latach 60. XIX wieku władze austriackie chciały zburzyć kościół (obok niego powstały umocnienia militarne). Nie pozwolił na to proboszcz podgórski ks. Jan Komperda. Dzięki jego staraniom doszło nawet do odnowienia kościoła. W XX wieku w kościółku odprawiano Msze św. jedynie dwa razy do roku: we wspomnienie św. Benedykta oraz we wtorek po Wielkanocy - w odpust ustanowiony tutaj jako przeciwwaga dla odbywającego się na Krzemionkach pogańskiego święta Rękawka.
Aktualnie planowany jest remont kościoła. Proboszcz parafii św. Józefa ks. Antoni Bednarz informuje jednak, że w związku z tym nie jest przewidziane wprowadzanie stałych nabożeństw w kościółku. Pewną formę zagospodarowania go obejmują plany ks. Jacka Stryczka, by odbywały się w nim nabożeństwa duszpasterstwa biznesmenów.

Msze św. z kazaniami ks. Jacka Stryczka w kościółku św. Benedykta na Krzemionkach podczas odpustu 25 marca 2008 r.: godz.: 10, 16, 18.30; 19.30 Msza św. dla Kręgów Rodzin