Pierwotny kościół w Paradyżu wzniesiony został w drugiej połowie XIII w. Zbudowany został – jak nakazywały reguły gotyckiej architektury - na planie krzyża łacińskiego. Świątynia była budowlą bazylikową, trójnawową, orientowaną. Wzniósł ją najprawdopodobniej zespół budowniczych z macierzystego klasztoru w Brandenburgii. Zbudowana została z cegły palonej na fundamentach z kamienia polnego powiązanego wapnem. Części konstrukcyjne i detale dekoracyjne wykonano z formowanej cegły.
Już pierwsza połowa XIV w. przyniosła zmiany w kształcie świątyni. Bliżej nieokreślona katastrofa budowlana spowodowała zniszczenie wschodniej części kościoła z transeptem, chórem i kaplicami. Podczas odbudowy nie powrócono już do pierwotnego charakteru kościoła - nie odbudowano już np. transeptu ani partii chóru. Po przebudowie kościół – pierwotnie zbudowany na planie krzyża łacińskiego – miał już rzut prostokąta.
Pożary w latach 1633 i 1722 stały się przyczyną kolejnych przemian. Ostatecznie odnawianie kościoła klasztornego zakończyło się w 1793 r. - właśnie XVIII w. jest czasem, kiedy budowle pocysterskiego opactwa zyskały obecny barokowy charakter. Mimo licznych zmian do dziś zachowały się wczesnogotyckie mury i sklepienia krzyżowo-żebrowe z ok. połowy XIII w.
Cystersi opuścili klasztor w XIX w. po tym, jak nastąpiła jego kasacja. Do rąk Kościoła wrócił dopiero w 1947 r. W latach 1964 - 1969 dokonany został generalny remont obiektu, który znajdował się w stanie poważnego zaniedbania i dewastacji. Wtedy też wnętrze kościoła przemalowane zostało na kolor biały.
W lutym 2007 roku rozpoczęły się poprzednie prace restauracyjne. Prace konserwatorskie, architektoniczne i technologiczne objęły najważniejsze elementy wystroju wraz z organami. Nie zajmowano się natomiast ołtarzem głównym ani bocznymi ołtarzami św. Walentego, św. Stanisława, św. Jana Kantego i św. Bernarda., zostawiono również konfesjonały, ambony i Kaplicę Matki Bożej Paradyskiej.
Badaniom podległy m.in. tynki i polichromie na ścianach i sklepieniach. Przeanalizowano również układ warstw dekoracyjnych m.in. na stallach, ławkach i bocznych ołtarzach. Pozwoliło to na jeszcze dokładniejsze zapoznanie się z wyglądem kościoła na przestrzeni wieków.
Okazało się, że przetrwały fragmenty gotyckich i manierystycznych polichromii, jednak to barokowy splendor był tym, co dominowało zarówno we wnętrzu kościoła, jak i na zewnątrz. Dzięki tym odkryciom konserwatorzy byli w stanie stwierdzić, jak wyglądało i zmieniało się przez stulecia wnętrze świątyni. Z tego też powodu zdecydowano się na wydobycie i odrestaurowanie XVIII-wiecznej kolorystyki - było to główne konserwatorskie zadanie projektu.
Podczas konserwacji ścian i sklepień nie tylko wyszły na jaw interesujące odkrycia – okazało się również, że sklepienia w nawie głównej i ściany w nawie północnej wymagają natychmiastowych napraw konstrukcyjnych. Zaniedbanie groziłoby katastrofą budowlaną – mogło dojść do zawalenia całego przęsła nawy głównej.
Swoiste odrodzenie przeszły też prawie wszystkie obrazy stanowiące wystrój świątyni. Nie mogły zostać pominięte, gdyż w większości powstały w XVIII w. jako przemyślane uzupełnienie wystroju kościoła – zarówno pod względem ikonograficznym, jak i estetycznym. Po szeregu zabiegów z płócien zniknęły zabrudzenia i przemalowania. Podobrazia płócienne przeszły techniczną konserwację (m.in. wymieniono lite deski na krosna drewniane). Również ramy doczekały się nowego wizerunku – a właściwie wróciły do swego wyglądu sprzed wieków, bowiem przywrócono im ich barokową kolorystykę.
