Kiedy w październiku 1942 r. Karol rozpoczął studia w konspiracyjnym seminarium duchownym, doznał swoistego "przewrotu" duchowego, a stało się to za sprawą podręcznika do metafizyki. Zmagał się przez dwa miesiące z nowym rozumieniem świata, jakie przynosiła metafizyka. Świat, w którym żył dotąd w sposób intuicyjny, a także emocjonalny, został od tego czasu potwierdzony i uzasadniony na gruncie racji najgłębszych i zarazem najprostszych. Odtąd całą swoją uwagę ześrodkował na "niezwykłości" osoby ludzkiej.
Zanim jednak podjął ostateczną decyzję zostania kapłanem, otrzymał bolesną lekcję pokory, a zarazem czas do namysłu. 29 lutego 1944 r., wracając już po ciemku do domu, został potrącony przez niemiecką ciężarówkę. Mieszkająca w pobliżu Józefa Florek znalazła zakrwawionego młodego mężczyznę, leżącego bez ruchu na poboczu drogi. Zatrzymała przejeżdżający samochód. Wysiadł z niego niemiecki oficer, spojrzał na rannego i kazał pani Florek przynieść wody. Kiedy zmyto krew, oficer stwierdził, że nieprzytomny młodzieniec żyje i polecił przejeżdżającej ciężarówce zawieźć go do lekarza. Kiedy Karol obudził się w szpitalnym łóżku z zabandażowaną głową, złamanym obojczykiem, ręką w gipsie i wstrząsem mózgu, miał dużo czasu na przemyślenie decyzji zostania księdzem. To były błogosławione dni duchowego wzrostu na drodze powołania. Przekonał się, że stał się "znany" Bogu samemu, bo każde powołanie kapłańskie w swej najgłębszej warstwie jest wielką tajemnicą przed Bogiem, wielkim darem, który nieskończenie przerasta człowieka. Potem, jako kapłan, Karol Wojtyła doświadczy tego bardzo wyraźnie w całym swoim życiu. Wielkość daru, jaki otrzymał, będzie go dopingować do tego, aby wszystko stracić... dla Boga. Także ten wypadek i cierpienie nie były w planach Bożych czymś przypadkowym. Poznał bowiem znikomość i kruchość ludzkiego życia, co w tym momencie upewniło go w powołaniu. Również wojna nadała temu procesowi powołania szczególne zabarwienie. Wobec okropności wojny sens kapłaństwa i jego misja w świecie stawały się nadzwyczaj przejrzyste i czytelne. Cóż znaczyły studia, zamiłowanie do teatru, więzi rodzinne... Wszystko to można było utracić, ale w zamian zyskać najważniejsze: powołanie. To Boże światło, by został kapłanem, stało się rodzajem jakiegoś wewnętrznego olśnienia. To olśnienie niosło w sobie radość i pewność innego powołania. I ta świadomość napełniła go wielkim wewnętrznym spokojem.
Z końcem wojny abp Adam Sapieha ściągnął wszystkich seminarzystów do domu biskupów krakowskich. Nie chciał ryzykować, aby któryś z nich nie zginął od przypadkowej kuli. Na szczęście Rosjanie zastosowali manewr ocalający miasto, obyło się więc bez ofiar i zniszczeń. Zaraz po wyzwoleniu Krakowa udało się otworzyć seminarium, ruszył Uniwersytet Jagielloński, ale nowa władza traktowała Kościół wyłącznie instrumentalnie. Konflikty i prześladowania wisiały w powietrzu.
Latem 1946 r. abp. Sapieże pozwolili komuniści pojechać po kardynalski kapelusz do Rzymu. Przy okazji kard. Sapieha chciał umożliwić studia w Rzymie nowemu seminarzyście, Stanisławowi Starowieyskiemu, wybitnie uzdolnionemu arystokracie, który w przyszłości miał szansę zostać biskupem. Na towarzysza kard. Sapieha wybrał Starowieyskiemu Karola Wojtyłę, który otrzymał najlepsze oceny spośród wszystkich kleryków. Ksiądz Kardynał sądził, że kapłan z takim intelektem powinien zrobić karierę akademicką. Dlatego 1 listopada 1946 r., w przyspieszonym trybie, osobiście udzielił święceń kapłańskich diakonowi Karolowi Wojtyle. Uroczystość odbyła się w prywatnej kaplicy arcybiskupów krakowskich. Pośpiech spowodowany był wyjazdem młodego kapłana na studia do Rzymu. Wśród obecnych na święceniach byli tylko najbliżsi przyjaciele Wojtyły, m.in. klerycy Andrzej Maria Deskur i Franciszek Macharski.
Następnego dnia, w Dzień Zaduszny, ksiądz Wojtyła mógł odprawić trzy Msze św. Pierwszą z nich, za dusze zmarłych rodziców i brata, odprawił w niezwykłym miejscu, na Wawelu, w tajemniczej krypcie św. Leonarda, wśród sarkofagów królów i bohaterów narodowych, które przypominały młodemu kapłanowi o chrześcijańskim rodowodzie jego ojczyzny. Ten wielki dzień w życiu księdza Wojtyły miał więc swój głęboki, symboliczny wymiar.
Dwa tygodnie później ksiądz Wojtyła razem z klerykiem Starowieyskim udali się na studia do Rzymu. Dwa lata nad Tybrem, w sercu Kościoła katolickiego, to była nie tylko wyprawa po wiedzę, ale również pierwsza wielka przygoda spotkania z Kościołem powszechnym. Obaj Polacy zamieszkali w Kolegium Belgijskim, które znajduje się nieopodal Kwirynału, skąd rozpościera się wspaniały widok na Wieczne Miasto, a przede wszystkim na Bazylikę św. Piotra. Tuż obok jest kościół San Andrea al Quirinale, w którym jest pochowany św. Stanisław Kostka, patron młodzieży polskiej. Wojtyła szybko znalazł sobie w świątyni ulubione miejsce do modlitwy.
Dominikański uniwersytet Angelicum, na który jeszcze w listopadzie zapisał się Wojtyła, pozwalał na dogłębne spotkanie z filozofią i teologią najwyższego lotu. Wykładali tam wówczas sławni profesorowie, m.in. ojcowie R. Garrigou Lagrange, M. Browne czy A. Ciappi. Młody kapłan z Polski szybko chłonął wiedzę i w ciągu roku złożył licencjat z wynikiem celującym, otrzymując 40 punktów na 40 możliwych. W każdą niedzielę pomagał w duszpasterstwie w małej parafii Garbatella w pobliżu Bazyliki św. Pawła.

CDN.