Rzeczywistość Skałki to przede wszystkim sacrum, które w sposób niezwykły od ponad tysiąca już lat uobecnia się w tym sławnym miejscu nad Wisłą w Krakowie, nieopodal Wawelu. Dzieje świątyni skałecznej sięgają końca pierwszego tysiąclecia chrześcijaństwa, a dzięki swej ciągłości wchodzą w zbliżające się trzecie tysiąclecie. Miejsce to nie miałoby doniosłego znaczenia w skali kościelnej i narodowej, gdyby nie factum Sancti Stanislai.
Zanim jednak 11 kwietnia 1079 r. wzgórze skałeczne stało się świadkiem męczeńskiej śmierci biskupa krakowskiego Stanisława ze Szczepanowa, już w X wieku cieszyło się swoim religijnym prestiżem. Wybitny kronikarz, fundator klasztoru paulińskiego na Skałce w XV wieku, słynny Jan Długosz, w swoim dziele Vita sanctissimi Stanislai Cracoviensis episcopi (Żywot świętego Stanisława, biskupa) napisał, iż w tym miejscu stał kościół "zbudowany okrągło z kamienia białego, na skale niezbyt wysokiej, wznoszącej się na równinie, poświęcony ku czci św. Michała Archanioła i wszystkich Aniołów, otoczony z jednej strony niewielkim jeziorem, nad którym niegdyś Polacy, zanim nawróceni zostali do wiary chrześcijańskiej, bałwanom swoim, pogańskim zwyczajem, składali ofiary i kadzidło" (Kraków 1865, s. 97). W 1472 r. Jan Długosz sprowadził na to miejsce paulinów.
Tragiczne męczeństwo Biskupa krakowskiego, zamordowanego pod mieczem królewskim na Skałce, wpisało się w religijną tradycję Kościoła i Narodu. Kult św. Stanisława nie ustał w ciągu wieków. Dotrwał do drugiego przełomu tysiącleci. Męczennik ze Skałki wciąż jest głównym patronem Polski. W przekonaniu wiernych czuwa on nad swoją ziemską Ojczyzną z troską nie mniejszą niż wówczas, kiedy stał się znakiem zwycięskich, choć po ludzku tragicznych zmagań o chrześcijański kształt życia publicznego. Fakt ten wyznacza Skałce szczególne miejsce wśród duchowych ośrodków życia narodowego Polaków. Niezwykle trafnie, chociaż nie bez emocji, napisał ks. Stanisław Bełch, iż "nie ma - poza Golgotą - drugiego miejsca czyjegoś zgonu bardziej w Polsce znanego niż Skałka pod Wawelem" (tenże, Święty Stanisław, Biskup-Męczennik, patron Polaków, "Veritas", London [1976], s. 607).
Decydujące znaczenie dla podkreślenia współczesnej roli Skałki odegrała pielgrzymka papieska w 1979 r. Jan Paweł II odwiedził to miejsce 8 czerwca. Rangi tego wydarzenia nie sposób przecenić, gdyż Ojciec Święty jako metropolita krakowski występował w roli następcy św. Stanisława na stolicy biskupiej w Królewskim Grodzie nad Wisłą. W 1979 r. przybył do Polski jako pierwszy Papież-Polak, mając na uwadze świętowanie 900-lecia narodzin dla nieba swojego Poprzednika.
Wyjątkowość sytuacji i powagę chwili wspaniale wyczuł prymas Polski - kard. Stefan Wyszyński, który historyczne powitanie Papieża na lotnisku Okęcie 1 czerwca 1979 r. rozpoczął od słów: Gaude Mater Polonia, prole fecunda nobili! Trzeba od razu zauważyć, iż chodzi tu o pierwsze dwa wersety słynnego hymnu, opiewającego chwalebne męczeństwo św. Stanisława, głównego patrona Polski. Słowa te widnieją na ścianach nawy głównej i prezbiterium obecnego kościoła Na Skałce. Warto wszakże zwrócić uwagę na fakt, iż są one śpiewane z okazji uroczystych wydarzeń w życiu narodowym, a już szczególnym uznaniem cieszą się w środowiskach akademickich.
O niezwykłym wprost znaczeniu tego wszystkiego, co można by zaliczyć do dziedzictwa duchowego Skałki, świadczą słowa Jana Pawła II wygłoszone podczas jego pierwszej pielgrzymi do Ojczyzny w słynnych homiliach: na Placu Zwycięstwa w Warszawie i na Błoniach Krakowskich.
O tej nowej roli Skałki wspomniał Jan Paweł II: "Kraków jest miastem ogromnie bogatym. Całe dzieje przeszły przez to miasto i chciały w nim pozostać. Chcieli pozostać królowie polscy w katedrze na Wawelu, w podziemiach, w sarkofagach. Zabrakło miejsca dla zasłużonych. Tylko więksi wieszczowie narodu: Mickiewicz i Słowacki znaleźli tam jeszcze osobną kryptę. Wówczas powstała myśl, żeby tą kryptą dopełniającą Wawel stała się właśnie Skałka".
W ostatnich słowach wypowiedzianych w Krakowie, będących jakby zwieńczeniem pierwszej pielgrzymki papieskiej do Ojczyzny, Jan Paweł II po raz kolejny powrócił myślą do Skałki: "Tam, w Warszawie, na Placu Zwycięstwa, jest Grób Nieznanego Żołnierza, przy którym rozpoczynałem moją pielgrzymią posługę na ziemi polskiej - i dzisiaj tu, nad Wisłą, pomiędzy Wawelem a Skałką, grób ´nieznanego biskupa´, po którym pozostała prawdziwa relikwia w skarbcu naszych dziejów. I dlatego pozwólcie, że zanim odejdę - popatrzę jeszcze stąd na Kraków, na ten Kraków, w którym każdy kamień i każda cegła jest mi droga - i popatrzę stąd na Polskę... I dlatego - zanim stąd odejdę, proszę Was, abyście całe to duchowe dziedzictwo, któremu na imię Polska, raz jeszcze przyjęli z wiarą, nadzieją i miłością - taką, jaką zaszczepia w nas Chrystus na chrzcie świętym". Z pewnością nie jest dziełem przypadku, że prośbę o zachowanie duchowego dziedzictwa Jan Paweł II skierował "przez pamięć" Najświętszej Maryi Panny z Jasnej Góry i wszystkich Jej sanktuariów w Polsce, "przez pamięć św. Wojciecha" oraz "przez pamięć św. Stanisława, który legł pod mieczem królewskim na Skałce".
Walory architektoniczne, historyczna wymowa i wysoki poziom liturgii spowodowały, iż obecnie kościół skałeczny należy do tych świątyń krakowskich, w których najwięcej zawieranych jest sakramentalnych związków małżeńskich. Dla mieszkańców Krakowa Skałka stała się niemal " kościołem ślubów". Wystarczy odnotować fakt, iż w ostatnich latach kończącego się tysiąclecia odbywało się tu ponad sto ślubów rocznie.
Cały urok Skałki to nie tylko architektura, lecz także wciąż niesłabnąca jej wymowa religijna i narodowa. Na miejsce męczeństwa św. Stanisława nadal podążają rzesze pielgrzymów, choć z pewnością coraz trudniej odróżnić ich od grup turystycznych, odwiedzającymi to miejsce z powodów nie tylko religijnych. Punkt szczytowy owego pielgrzymowania niewątpliwie stanowi doroczna procesja z Wawelu na Skałkę, tradycyjnie organizowana w pierwszą niedzielę po uroczystości kalendarzowej św. Stanisława. Przypuszcza się, że procesja ta może sięgać swoją historią czasu kanonizacji Męczennika ze Skałki, a więc 1252 r.
Do ożywienia tej formy kultu znacznie przyczynił się kard. Karol Wojtyła, obecny papież Jan Paweł II. Jako metropolita krakowski zabiegał o to, aby zgromadzić na procesji przedstawicieli poszczególnych grup społecznych, skupiając ich wokół hierarchii kościelnej. Starania kard. Wojtyły o nadanie odpowiedniej rangi majowym procesjom z katedry Wawelskiej na Skałkę przypadły na czas, kiedy w Polsce cały Episkopat był wyraźnie zjednoczony pod przewodnictwem wybitnego prymasa - kard. Stefana Wyszyńskiego. Ogromnym uznaniem cieszyły się jego kazania, głoszone podczas Mszy św. celebrowanej na placu skałecznym. Głos Prymasa Tysiąclecia skutecznie przełamywał ideologiczny monopol władz partyjno-państwowych, ukazując chrześcijańską wizję życia publicznego.
Skałka przy końcu II tysiąclecia chrześcijaństwa nadal stanowi duchowe centrum z niesłabnącym kultem św. Stanisława, męczennika z XI wieku. Klimat tego miejsca tworzą zakonnicy paulińscy, troszcząc się o jego wygląd. Wyjątkowa rola Skałki z całą pewnością pozostaje w jakimś odniesieniu do faktu, iż św. Stanisław był przecież pierwszym kanonizowanym Polakiem. Wcześniejsi święci, tacy chociażby jak św. Wojciech, byli przybyszami z krajów ościennych. Polskie korzenie Męczennika ze Skałki są chyba dodatkowym atutem dla niesłabnącej wymowy narodowej tego miejsca. Znalazło to swój wyraz w pobożności ludu, który w jednej z litanii do św. Stanisława, posługuje się takimi oto wezwaniami: "Patronie Ojczyzny naszej", "Ozdobo Narodu Polskiego", " Opiekunie całej Ojczyzny" - módl się za nami!